Ce n'est pas par hasard qu'il est actuellement considéré comme l'une des souches probiotiques les plus sûres utilisées de nos jours en pédiatrie, où il est prescrit pour le grand bénéfice qu'il apporte non seulement en tant que probiotique, mais également dans le cas des coliques gazeuses gênantes dont souffrent souvent les nourrissons, en particulier ceux nourris avec du lait artificiel.
Chez l'adulte, en revanche, sa concentration peut diminuer dans des situations de stress, en cas de diminution des défenses immunitaires lorsqu'il exerce une action « immunomodulatrice » bénéfique, dans des situations inflammatoires, d'infections gastro-intestinales et d'utilisation prolongée d'antibiotiques. Il est particulièrement utile, à cet effet, en cas de diarrhée, de gastro-entérite (offrant une protection contre les rotavirus), d'intestin irritable, pour lutter contre l'aggravation de la diarrhée et réduire le temps de récupération nécessaire. Il peut également soulager la dermatite atopique et les infections du système urogénital (par exemple les mycoses). Il agit en produisant de la « reuterine », une substance à activité antimicrobienne, de l'acide lactique et de l'acide acétique qui, en abaissant le pH du tube digestif, empêchent la croissance de germes pathogènes tels que la bactérie Escherichia Coli. Dans les études cliniques, L. reuteri a également démontré sa résistance à la bactérie Salmonella typhimurium, agent pathogène pouvant être contracté à partir d'aliments à risque, tels que la viande crue, les œufs et la volaille ; il est également indiqué dans le traitement de Helicobacter pylori, qui s'attaque à l'estomac et provoque des troubles douloureux tels la gastrite et l'ulcère.
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